La Facultad de Teología San Isidoro de Sevilla promueve, apoya y coordina la investigación de los docentes, pues reconoce ésta como un ámbito esencial de la propia institución académica y como la base de la docencia impartida en sus aulas.
Para favorecer la investigación de las determinadas materias, la Facultad, en virtud de sus propios fines, erige cátedras permanentes. A propuesta del Presidente, la Junta de Facultad aprueba su creación, el nombramiento de los directores de las cátedras y sus reglamentos particulares. En ellos se recogen sus estructuras y los procedimientos de los profesores que ejerzan en ellas las funciones de dirección y que forman parte de su comité de gobierno y en su consejo científico. La Facultad de Teología podrá crear cátedras en común con otras instituciones universitarias o culturales afines, así como buscar el patrocinio de éstas para el cumplimiento de sus objetivos, de acuerdo con lo que establecen estos Estatutos y el Reglamento general (Estatutos, 27)
Actualmente, existen seis cátedras: la Cátedra de Historia de la Iglesia en Andalucía “Beato cardenal Marcelo Spínola”, la Cátedra de Mariología, la Cátedra de Derecho canónico y eclesiástico, la Cátedra de Liturgia “San Isidoro», la Cátedra Magna Hispalensis de fe, arte y cultura y la Cátedra internacional Joseph Ratzinger/Benedicto XVI