El plan de estudios de la Facultad de Teología San Isidoro de Sevilla comprende los tres ciclos superiores de Teología, descritos en la Constitución Apostólica Veritatis gaudium, artículo 46.
Una vez superados los estudios del bienio filosófico o reconocido su equivalente en el quinquenio filosófico-teológico, el primer ciclo institucional (Baccalaureatus en Teología) tiene una duración de tres años, o seis semestres, durante los cuales se exponen orgánicamente todas las materias que se exigen para una sólida y completa formación teológica que capacite para determinadas funciones eclesiásticas. A la vez se introduce a los alumnos en los métodos científicos propios de las diversas disciplinas para que puedan proseguir los estudios en los ciclos superiores.
Los estudios del segundo ciclo (Máster en Teología), de especialización teológica, duran dos años, con 120 ECTS. Las tres especialidades que ofrece la Facultad son: Teología Dogmática, Mariología y Eclesiología.
El tercer ciclo, que se corona con el Doctorado, debe durar al menos tres años, durante los cuales se perfecciona la formación teológica y se elabora la tesis doctoral.
Las modificaciones del plan de estudios de la Facultad deberán ser siempre aprobadas por la Congregación para la Educación Católica. (Estatutos, 54)