El profesorado de la Facultad de Teología se organiza en departamentos: Filosofía, Teología dogmática, Sagradas Escrituras y Eclesiología, a los que se confía un sector determinado de la docencia e investigación. Los profesores son los promotores y responsables de ese sector. Los departamentos son una expresión de la colaboración entre sí de los profesores, especialmente en materias a fines o relacionadas entre sí (Normas aplicativas, 23, ∫ 1). Los departamentos se rigen por un Reglamento particular que desarrolla las normas establecidas en estos Estatutos (Estatutos, 26)
Los directores de departamento, que son miembros de la Junta de Facultad, son: