El profesorado de la Facultad de Teología se organiza en departamentos: Filosofía, Teología, Sagradas Escrituras y Pastoral e Historia, a los que se confía un sector determinado de la docencia e investigación. Los profesores son los promotores y responsables de ese sector. Los departamentos son una expresión de la colaboración entre sí de los profesores, especialmente en materias a fines o relacionadas entre sí (Normas aplicativas, 23, ∫ 1). (Estatutos, 44)
Los directores de departamento, que son miembros de la Junta de Facultad, son: